Δύο ναυάγια επέλεξαν να διασώσουν οι επιστήμονες, στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος «Θαλής». Το ένα πλοίο, μάλλον ισπανικής προέλευσης, ναυάγησε τον 16ο αιώνα στη Ζάκυνθο, το άλλο τον 13ο αιώνα στη Ρόδο. Το πρόγραμμα υλοποιείται από τα ΤΕΙ Αθηνών, στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ κι έχει τίτλο «Διάσωση ξύλινων ναυαγίων στο μεσογειακό θαλάσσιο οικοσύστημα: ανάπτυξη και εφαρμογή καινοτόμων μεθόδων για την κατά χώραν προστασία τους». Το πρόγραμμα εγκρίθηκε από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο.
Το ναυάγιο του 13ου αιώνα «αναδύθηκε» στον πυθμένα του μεγάλου εμπορικού λιμένα της Ρόδου μετά την περιδίνηση των πλοίων.
Βρίσκεται λίγα μέτρα μακριά από τον περίφημο θησαυρό της Ρόδου, που αποτελείται από χιλιάδες χρυσά κοσμήματα και νομίσματα, κυρίως οθωμανικά, αλλά και ρωσικά, πορτογαλικά κ.ά. και ο οποίος εκτιμάται ότι προέρχεται από ναυάγιο του 18ου αιώνα. Το ξύλινο κύτος που κείτεται στον βυθό της Ρόδου δεν έχει ερευνηθεί επαρκώς.
Παραμένει εκτεθειμένο, κάτω από την έντονη εμπορική κίνηση των πλοίων.
Ο στόχος του προγράμματος είναι διπλός: Πρώτον, να αξιολογηθεί κατά πόσον η χρήση των γεωϋφασμάτων λειτούργησε προστατευτικά στο ναυάγιο της Ζακύνθου, που βρίσκεται σε βάθος 10 μέτρων έξω από το λιμάνι του νησιού, ώστε να μπορεί να εφαρμοστεί και σε άλλα.
Και δεύτερον, να προστατευτεί το ξύλινο σκαρί του 13ου αιώνα, που σώζεται μεν σε καλή κατάσταση, ωστόσο χρήζει άμεσης προστασίας, καθώς βρίσκεται σε χώρο όπου ποντίζονται άγκυρες μεγάλων πλοίων, οι δε ξυλοφάγοι οργανισμοί τού έχουν ήδη προκαλέσει φθορές.
Όπως δήλωσαν στο Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο -το οποίο γνωμοδότησε ομόφωνα υπέρ και των δύο προτάσεων- ο αρχαιολόγος Γ. Κουτσουφλάκης και η εκπρόσωπος των ΤΕΙ κ. Μπούρλου, πρόκειται για το μόνο ναυάγιο στην Ανατολική Μεσόγειο που σώζει το ξύλινο τμήμα του in situ, συνεπώς οι ερευνητές μπορούν να το μελετήσουν στο σημείο της αρχικής θέσης του. Οι μελετητές προτείνουν τον εγκιβωτισμό του σε μεταλλικό κέλυφος και στη συνέχεια την κάλυψή του με υλικά του περιβάλλοντος.
Το ναυάγιο της Ζακύνθου, το οποίο βρίσκεται λίγο έξω από το λιμάνι σε βάθος 10 μέτρων, έχει εξερευνηθεί περίπου κατά τα δύο τρίτα από την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων -σε συνεργασία αρχικά και με το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης. Εδώ και χρόνια έχει σκεπαστεί με γεωΰφασμα για να προστατευτεί.
Ο ξύλινος σκελετός του διατηρείται σε ικανοποιητικό βαθμό, γεγονός που βοηθά στην κατανόηση της ναυπηγικής του.
Σύμφωνα με στοιχεία που έχουν προκύψει από το φορτίο του, το πλοίο είχε ξεκινήσει από κάποιο λιμάνι του Αιγαίου με προορισμό κάποια ιταλική ή γαλλική μεσογειακή πόλη, ίσως ακόμα και την Ζάκυνθο.